Innere Unterleibsinfektionen treten dann auf, wenn Bakterien, die sich normalerweise im Magen-Darm-Trakt befinden, in angrenzende Gewebe entweichen. Operationen, Trauma oder Krankheiten können zu Verletzungen der Schleimhaut oder zu Veränderungen innerhalb der normalen Flora führen. Infizierte Organe sind üblicherweise die Gallenblase, die Gallengänge und der Darm. Entzündungen der Gallenblase (Cholezystitis) entstehen gewöhnlich durch Escherichia coli und Enterokokken. Symptome können Fieber, allmählich größer werdende Schmerzen im Bauch, Übelkeit und Erbrechen sein. Die Gallengänge, durch die die Galle von der Leber in den Dünndarm transportiert wird, können durch Escherichia coli, Enterokokken oder auch Anaerobiern aus dem Darm infiziert werden (Cholangitis).

Die akute infektiöse Diarrhö wird meistens durch Campylobacter, Shigella, Salmonellen Spezies sowie Escherichia coli, die Toxine produzieren. Verschiebungen in der Zusammensetzung der normalen Flora infolge einer Krankheit oder einer medizinischen Behandlung, z.B. mit Antibiotika, sowie die Verunreinigung von Lebensmitteln und Wasserquellen führen oft zu einer infektiösen Diarrhö.

Hautinfektionen entstehen in den meisten Fällen durch Bakterien, gefolgt von Pilzen und viralen Erkrankungen. Die meisten bakteriellen Infektionen der Haut werden durch Staphylococcus aureus, Streptokokken und Pseudomonaden verursacht. Die Entzündung der Haarfollikeln nennt man Folliculitis, die möglicherweise zu permanentem Haarausfall führen kann. Impetigo und Ekthym sind entzündliche Hautkrankheiten, deren Hauptmerkmale Pusteln sind, die Narben und Pigmentierungen hinterlassen, wenn sie nicht behandelt werden. Hautinfektionen können die Integrität der Haut, der natürlichen Schutzbarriere des unspezifischen Immunsystems, zerstören und dadurch das Eindringen möglicher Krankheitserreger vereinfachen. Diabetes kann zu schweren Hautinfektion führen, z.B. dem Diabetes-Gangrän.

Zu den Knochen- und Gelenkinfektionen gehören in den meisten Fällen die vereiterte Arthritis und Osteomyelitis, die durch Krankheitserreger wie beispielsweise durch Staphylococcus aureus verursacht werden. Eine Infektion mit Gonococcus bei sexuell aktiven jungen Männern und Frauen kann auch zu einer Gelenkentzündung führen (septische Arthritis). Entzündungen von Knochen sind nicht nur schmerzhaft, sondern können auch zur Entwicklung von Abszessen führen.