Bakterien findet man einfach überall - in der Erde, im Wasser, in der Luft, in Pflanzen, in Tieren sowie in Menschen. Ungefähr 100 Billionen Bakterien bewohnen unsere Haut, den Mund, den Rachen, die Därme, die Harnröhre und die Scheide. Das bedeutet, daß auf jede einzelne Zelle im Körper 1000 Bakterien kommen. Jeder Mensch ist mit einer speziellen natürlichen Mikroflora von mehr als 1000 verschiedenen Arten besiedelt. Die meisten Bakterien sind von Nutzen, und nur wenige Arten können Krankheiten verursachen. Eine intakte normale Flora verhindert eine mögliche Vermehrung pathogener Bakterien dadurch, daß sie vorhandene Ressourcen für das eigene Wachstum benutzt. Dennoch kommt es vor, daß nützliche Bakterien ihr natürliches Umfeld verlassen und Zugang zu anderen Organen oder Geweben gewinnen, um dort Infektionen auszulösen. Normalerweise harmlose Escherichia coli Bakterien, die in der Darmflora zu Hause sind, können so Harnwegsinfektionen verursachen.

Bakterien sind kleine einzellige Organismen, die sich in Größe, Form und Art der Zellwand unterscheiden und dadurch, ob sie Sauerstoff zum überleben brauchen oder nicht. Die Grundformen sind kugelförmig (Kokken), zylindrisch (Stäbchen) und spiralförmig. Viele Bakterien haben besondere Anhängsel, wie Geißeln oder Pili, die den Bakterien ermöglichen, sich aktiv zu bewegen oder sich an Oberflächen festzuhalten. Andere sind von einer zähflüssigen Kapsel umgeben, die sie vor Phagozytose oder Antibiotika schützt. Durch eine Färbetechnik können die meisten Bakterien anhand der Struktur ihrer Zellwand als gram-positiv (erscheint in Blau) oder als gram-negative (erscheint in Rot) klassifiziert werden. Die Zellwand von gram-positiven Bakterien besteht aus einer dicken Murein-Schicht, die dagegen bei gram- negativen Bakterien dünn ist, aber dafür von einer äußeren Schutzmembran bedeckt wird. Obligat aerobische Bakterien können nur mit Sauerstoff leben, während obligat anaerobische Bakterien nur ohne Sauerstoff zurechtkommen. Die Mehrheit der Bakterien ist fakultativ anaerobisch, d.h. sie können unter beiden Bedingungen leben. Bakterien sind sehr anpassungsfähige Organismen. Bakterien müssen zwangsläufig Abwehrmechanismen und permanent neue Strategien entwickeln, um sich gegen die Immunabwehr des Wirts, andere Keime oder medikamentöse Behandlungen zu behaupten.